医院空气过滤器净化系统主要由空气过滤器、空调机组和循环风机等基本设备组成，根据效率不同的过滤器的级数、设置部位，空调机组与循环机组的并串联关系不同，构成了以下基本形式。
1、空调机组与循环风机串联方式
多数净化系统采用二次回风方案，空调机组所处理风量仅是部分送风量。因此，空调机组之后需要串联一个风量为系统总风量的大风机。经空调机组处理后的新风和一次回风与二次回风同时被吸入并使温、湿度混合均匀后送人房间。
对于某些洁净度级别较低的系统，可能没有二次回风。此时通过空调垫组的风量即为系统总风量。所串联的风机与空调机组的风量相同，其作用仅是增压，协同克服送风通路及过滤器的阻力。
医院空气过滤器通常设置在循环风机之后，使经过中效过滤的空气在送人洁净室之前的管路系统中处于正压段，以防止系统外的新风侵入污染送风。
2 、空调机组与循环风机并联方式
空调机组与循环风机并联方式在净化系统中使用较少。原因之一是空调机组自备风机在克服系统机组内阻及过滤器阻力之后的剩余压头是个变量，因此并联的二次回风循环风机通路上的阻力也要相应调整，否则一、二次回风比将发生变化，相应影响到空调机组的进风量，从而影响洁净室的温湿度。
并联方式的另一个条件是空调机组自备风机要有足够的风压。净化空调系统不同于常规空调系统的特点之一，是其气流通路上配置有粗、中、高效多级过滤器，阻力更大，而这会引起自备风机转速偏大、噪声偏高。
